南通汉舟海洋科技有限公司为工程中心的设计协作单位（江苏省船舶工程技术研究开发中心是经江苏省交通厅、教育厅批准，依托南通航院建立的行业性技术中心）。
目前主要开展化工\海工模块设计、船舶开发设计、计算分析等业务，拥有各类人才近60名（包含航院参与设计的教师队伍）。部门软硬件设施齐全，设计软件包括TEKLA、SOLIDWORKS、CATIA、PDMS、MASTERSHIP、NAVISWORKS等专业3D设计软件，ANSYS、SAP2000、PKPM等分析计算软件，在TEKLA、PDMS软件系统的二次开发领域拥有行业领先的优势。经过多年的发展，设计中心已经是南通地区最大，长三角较大规模的钢构、内河船舶设计单位。
公司主要客户均为中国化工、海工模块领域领军企业，设计项目多为国内外高端项目。通过与客户的不断磨合、交流，也锻炼出一支高水平、高效率的设计团队，为以后开拓国际市场打下了坚实基础。